Η Βιβλιοθήκη ΑΠΘ αποτελεί μία αυτοτελή διοικητική υπηρεσία του ΑΠΘ. Διευθύνεται από Προϊστάμενο Διεύθυνσης και εποπτεύεται από την Επιτροπή Βιβλιοθήκης και Κέντρου Πληροφόρησης. 

1. Τμήμα διοικητικής υποστήριξης
   • Γραμματεία
   • Γραφείο συστημάτων και υποστήριξης υπηρεσιών ΒΚΠ
   • Γραφείο υποστήριξης HEAL-link
2. Τμήμα συλλογών
   • Γραφείο προσκτήσεων
   • Γραφείο βιβλιοθηκονομικής επεξεργασίας
   • Γραφείο ειδικών συλλογών και ψηφιοποίησης
3. Τμήμα υπηρεσιών προς τους χρήστες
   • Γραφείο πληροφόρησης, δανεισμού και διαδανεισμού
   • Γραφείο υποστήριξης ηλεκτρονικών μαθημάτων και υπηρεσιών εκπαίδευσης
   • Γραφείο υποστήριξης ερευνητικής παραγωγής ΑΠΘ
4. Τμήμα υποστήριξης παραρτημάτων και μονάδων της ΒΚΠ
   • Βιβλιοθήκες Σχολών και Τμημάτων